1986年8月任江西省宜春市委书记。

1989年12月至1996年12月任江西省人民政府外事（侨务）办公室主任。

1990年2月兼任江西省人民对外友好协会第五届副会长兼秘书长。

1992年11月兼任江西省旅游局局长。

1994年8月兼任江西省第六届人民对外友好协会副会长。

1997年4月至1999年12月任中国驻加纳大使。

1999年7月当选为第六届全国侨联副主席兼秘书长。

2004年7月当选为第七届全国侨联副主席。

2008年3月当选为第十一届全国人大常委会委员，第十一届全国人大华侨委员会副主任委员。

2009年7月17日在中国侨联第八届委员会第一次全体会议上当选为中国侨联副主席。

2012年1月6日，在中国侨联第八届委员会第四次全体会议上被聘为中国侨联顾问。

008年1月27至30日，中国侨联副主席李祖沛率慰问小组先后赴太原、临汾、忻州等地深入乡镇和社区慰问侨界困难群众，并送去了慰问金。慰问期间，李祖沛仔细了解了归侨侨眷的工作生活状况，嘱当地侨联协助解决好他们的生活困难，把侨联真正办成归侨侨眷之家。在晋期间，李祖沛还与侨界群众和侨联干部进行座谈，就当前侨界亟待解决的问题和地方侨联工作经验、工作思路以及自身建设等问题进行了调研。

2009年11月26日至30日，中国侨联副主席李祖沛在海南省侨联主席何云霞的陪同下，先后赴澄迈县、儋州市、洋浦经济开发区、保亭县、三亚市就华侨农场改革发展进行调研。在澄迈那小华侨文明小队、儋州南辰华侨农场、三亚南田农场，李祖沛与当地侨联负责人员、华侨农场干部、归侨侨眷进行座谈交流，实地了解他们生产生活现状，询问《国务院关于推进华侨农场改革和发展的意见》贯彻落实情况和遇到的问题。李祖沛指出，实践证明，只有坚持解放思想、改革创新，华侨农场才能走上脱贫致富的康庄大道。华侨农场一定要紧紧抓住当前机遇，深化改革，创新发展，摸索出一条适合自身发展的道路。

2010年1月11日至15日，李祖沛副主席率中国侨联慰问团先后到呼和浩特市、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市、包头市看望慰问困难归侨侨眷。

2010年1月24日至29日，中国侨联副主席李祖沛一行五人赴新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团开展“送温暖、献爱心”慰问活动。恰正值新疆阿勒泰、塔城地区遭受55年以来最为严重雪灾，李祖沛一行刚抵达乌鲁木齐市即直奔自治区侨联机关，致电两地区侨联，了解当地受灾情况，向两地归侨侨眷表达了亲切慰问。李祖沛一行在自治区侨联、新疆生产建设兵团侨联负责人陪同下到乌鲁木齐市、昌吉回族自治州、伊犁哈萨克自治州、生产建设兵团建工师、农12师看望侨界知名人士，慰问“7.5”事件受伤侨联工作者，各族贫困归侨侨眷。代表中国侨联及自治区侨联、生产建设兵团侨联向他们致以节日的问候，实地了解他们在生产生活中遇到的困难与问题。鼓励他们树立信心，相信在党委、政府关心下，在当地侨联组织帮助下，暂时困难一定能够克服。生活也会不断改善。自治区党委常委肖开提·依明陪同参加乌鲁木齐市慰问。